دکتر محمود افشار یزدی بالغ بر یک میلیون متر مربع از اموال و دارایی‌های خود را وقف نمود که گزیده‌ای از آن در زیر آمده است:
باغ‌فردوس شمیران
- موسسه باستان‌شناسی دانشگاه تهران.
- موسسه لغت‌نامه دهخدا و مرکز بین المللی آموزش زبان فارسی دانشگاه تهران.
- باغ موقوفات شامل کانون زبان پارسی، ساختمان مرکزی انتشارات دکتر محمود افشار و ساختمان اداری بنیاد (باغ‌فردوس)
مدرسه ابتدایی دکتر محمود افشار و متوسطه دوره اول و دوم در اختیار آموزش و پرورش منطقه ۳ تهران و مجموعه فرهنگی و ورزشی شهید افشاری که در اختیار دانشگاه صنعتی امیرکبیر قرار دارد.
شهرری
عرصه شهرک مسکونی فرهنگیان که با واگذاری حق تملک اعیان به آموزش و پرورش منطقه ۲۰ تهران، هشتصد معلم صاحب خانه شدند. در آن شهرک علاوه بر منازل مسکونی، چهار مدرسه، کتابخانه، مجموعه ورزشی، مسجد، خانه سلامت، سرای محله بهشتی، پارک و… نیز برای فرهنگیان ساخته شده است.
یزد
باغچه و خانه‌ای ییلاقی واقع در محله تل‌عاشقان طزرجان یزد که ارثا از طرف مرحوم برادر واقف (محمد افشار) به ایشان رسیده بود را وقف می‌نماید تا در آن دبستانی ساخته شود که در حال حاضر به عنوان اردوگاه دانش‌آموزی مورد استفاده قرار می‌گیرد.
موقوفه دکتر منوچهر ستوده (الحاقی به موقوفات افشار)
دکتر منوچهر ستوده استاد دانشگاه تهران و از مفاخر ملی کشورمان که در سال ۱۳۷۹ هشتمین جایزه ادبی و تاریخی دکتر محمود افشار را دریافت نمود، به سال ۱۳۸۲ تصمیم به وقف باغ صد هزار متری خود در منطقه کلارآباد شهرستان چالوس و الحاق آن به بنیاد را گرفت که از فوت ایشان در سال ۱۳۹۵ تا کنون، موقوفه افشار اداره آن را عهده‌دار بوده است.
موقوفه دکتر محمدعلی آزادیان و شمسی عبدالهی (الحاقی به موقوفات افشار)
دکتر محمدعلی آزادیان (دکتر داروساز) و حاجیه خانم شمسی عبدالهی در سال ۱۳۸۷ آپارتمان محل سکونت خود واقع در تهران، تقاطع خیابان ولی‌عصر و پسیان را وقف و الحاق آن را به بنیاد اعلام داشتند.
